La angiogénesis es esencial para el crecimiento de tumores sólidos, mientras que los perfiles moleculares de los vasos sanguíneos del tumor se han notificado a ser diferente entre los tipos de cáncer. Aunque actualmente las estrategias anti-angiogénicos disponibles están proporcionando alguna promesa para el tratamiento de algunos tipos de cáncer tal vez no sea sorprendente que, ninguno de los agentes anti-angiogénicos disponibles trabajen en todos los tumores. Por lo tanto, se requiere el descubrimiento de nuevos anti-angiogénicos objetivos, pertinentes para tipos individuales de cáncer.
Utilizando el análisis de MICROARRAYS DE AFFYMETRIX de láser capturados, se diferencia los vasos sanguíneos angiogénicos asociados al carcinoma ductal invasivo (IDC) de la mama, en comparación con los vasos sanguíneos de los pacientes con cáncer de mama.
Utilizando el análisis de MICROARRAYS DE AFFYMETRIX de láser capturados, se diferencia los vasos sanguíneos angiogénicos asociados al carcinoma ductal invasivo (IDC) de la mama, en comparación con los vasos sanguíneos de los pacientes con cáncer de mama.
ARN de las muestras LCM se amplificó utilizando el WT (transcriptoma entero) que es un sistema de amplificación de ARN (2 ciclos), y el ADNc fue fragmentado y marcado utilizando el Módulo FL-Ovation de ADNc. A pesar de 2 ciclos de amplificación puede introducir un sesgo más de un ciclo, tuvimos cuidado en el control de esta amplificando tanto el cáncer y las muestras normales de forma idéntica.
Etiquetados ADNc microarray, se realizaron en hibridaciones HG-U133 Plus 2 arrays (Affymetrix) y datos de expresión génica se analizó utilizando Bioconductor 2,2 se ejecuta en R2.7.1.
Medidas normalizadas expresión probeset se calcularon usando el paquete 'Affy' robusto promedio multichip (RMA) método por defecto. La expresión génica diferencial entre grupos se evaluó duplicadas utilizando un Bayes empírico t-test como se aplica en el paquete 'limma'. Los valores resultantes se ajustaron para múltiples pruebas usando la Tasa de Falso Descubrimiento (FDR)
Los datos de Affymetrix se analizaron con el software Ingenuity Pathways Analysis
El análisis adicional de Microarray se realizó sobre muestras de xenoinjertos humanos U87 (Métodos S1).
Etiquetados ADNc microarray, se realizaron en hibridaciones HG-U133 Plus 2 arrays (Affymetrix) y datos de expresión génica se analizó utilizando Bioconductor 2,2 se ejecuta en R2.7.1.
Medidas normalizadas expresión probeset se calcularon usando el paquete 'Affy' robusto promedio multichip (RMA) método por defecto. La expresión génica diferencial entre grupos se evaluó duplicadas utilizando un Bayes empírico t-test como se aplica en el paquete 'limma'. Los valores resultantes se ajustaron para múltiples pruebas usando la Tasa de Falso Descubrimiento (FDR)
Los datos de Affymetrix se analizaron con el software Ingenuity Pathways Analysis
El análisis adicional de Microarray se realizó sobre muestras de xenoinjertos humanos U87 (Métodos S1).
Vocabulario:
ARNsi: Es el ARN pequeño de interferencia
ADNc: Es el ADN complementario
Referencias:
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